Messi bermain pertama kali di Barcelona junior Infantil B dan tim Cadete B & A pada tahun 2000-2003 dan ia mencetak 37 gol dalam 30 pertandingan di Cadete A ). Ia hampir dikeluarkan dari klub pada tahun 2003 karena kendala keuangan, tetapi pelatih mudanya meyakinkan manajemen untuk tetap mengontraknya.
Musim 2003-04 Lionel Messi memperlihatkan kemampuannya dalam lima tim yang berbeda : Dimulai satu laga di Juvenil B dengan satu gol dan dipromosikan ke Juvenil A dengan memainkan 14 pertandingan dengan 21 gol.
Kemudian , Lionel Messi memulai debutnya untuk tim FC Barcelona C ( Tercera División ) pada tanggal 29 November 2003 dan untuk FC Barcelona B ( Segunda División B ) pada tanggal 6 Maret 2004. Ia bermain untuk kedua tim sekaligus selama semusim yaitu masing di Tercera dengan 10 pertandingan dan lima gol serta di Segunda dimainkan dalam lima kali pertandingan , tanpa kontribus gol. Bahkan sebelum debutnya di dua tim ini , Messi secara resmi bermain untuk tim utama pada 16 November 2003 saat berusia 16 tahun, 145 hari , dalam pertandingan persahabatan melawan Porto .
Kurang dari satu tahun setelah memulai kariernya , Frank Rijkaard memberinya kesempatan di liga saat melawan RCD Espanyol pada 16 Oktober 2004 ( pada usia 17 tahun dan 114 hari ) , Messi menjadi pemain ketiga termuda yang pernah bermain untuk Barcelona dan pemain klub termuda yang bermain di La Liga.
Kemudian rekornya dirusak oleh Bojan Krkic pada bulan September 2007 . Ketika ia mencetak gol pertamanya untuk tim senior bagi klub melawan Albacete Balompie pada tanggal 1 Mei 2005, Messi saat itu berumur 17 tahun , sepuluh bulan lebih tua tujuh hari dari Bojan
Bojan Krkic menjadi pemain termuda yang pernah mencetak gol di pertandingan La Liga bersama Barcelona, dan golnya pun merupakan operan (assist) Messi.
Messi mengatakan tentang mantan pelatihnya Rijkaard : " aku tidak akan pernah melupakan fakta bahwa ia membantu karier saya , dan dia memiliki keyakinan di saat aku masih berumur enam belas atau tujuh belas untuk masuk tim utama Barcelona. " Masih dimusim yang sama, Messi tetap bermain untuk Barcelona B ( Segunda División ) dan mencetak 6 gol dalam 17 pertandingan .
